Mae Emyr W Jones yn briod ac mae ganddo dri o blant. Mae'n Gymro Cymraeg, wedi ei eni a'i fagu ar fferm deuluol Rhiwaedog, Rhosygwaliau ger y Bala. Mae'r daliad yn ymestyn i gyfanswm o 360 o aceri gyda oddeutu 200 erw ychwanegol yn cael ei rentu. Mae’r fferm yn cynnal 60 o fuchod Duon Cymreig pedigri a 1200 o fogiau magu.
Mae'n aelod blaenllaw a brwdfrydig o UAC a bu'n gadeirydd Meirionnydd rhwng 1998 a 2000. Fe'i
etholwyd i gynrychioli Gogledd Cymru ar Bwyllgor Cyllid a Threfn Canolog yr Undeb ym Mehefin 2000, yn Islywydd yn 2002, yn Ddirprwy Lywydd am wyth mlynedd ers 2003 cyn cael ei ethol yn Lywydd ym mis Mehefin 2011.
Mae'n weithgar dros ben gyda nifer o fudiadau a chymdeithasau gan gynnwys y Gymdeithas Defaid
Mynydd Cymreig a Chymdeithas Gwartheg Duon, ac mae’n Gyfarwyddwr Sirol Sioe Meirionnydd. Mae'n
gyn gadeirydd Cymdeithas Tir Glas Meirionnydd ac yn aelod ohoni ers ei sefydlu dros ddeg mlynedd ar hugain yn ôl. Cafodd ei gyfraniad i amaethyddiaeth ei gydnabod pan gafodd ei wneud yn gydymaith o'r Cymdeithasau Amaethyddol Frenhinol, ac wedi hynny, derbyniodd y fraint o ddod yn gymrawd y Cymdeithasau yn 2001.
Mae fferm Rhiwaedog wedi ennill sawl gwbor dros y blynyddoedd sy'n cynnwys gwobrau gyda'r
Gymdeithas Tir Glas, Gwobr Cyfleustra Adeiladau Fferm y Sioe Frenhinol, a Gwobr Ffermio a Thirlun Cymdeithas Parc Cenedlaethol Eryri. Gwelwyd sawl ymweliad a’r fferm dros y blynyddoedd gan wahanol gyrff a chymdeithasau. Yr uchafbwnt oedd yn 2008 pan enillodd y fferm y gystadleuaeth Tir Glas drwy Gymru, ac yna mynd ymlaen i ennill y gystadleuaeth drwy Prydain Fawr.
Gwelir cyfraniad Emyr hefyd o fewn ei gymuned leol gyda'r Cyngor Cymuned (cyn Gadeirydd). Mae'n weithgar gyda'r sioe leol yn Llangower ac hefyd yn flaenor yn ei gapel lleol. Mae'n weithgar ac yn eithriadol o ymroddedig dros yr egwyddorion y seilwyd UAC arnynt, ac yn siarad yn gyson ar ran yr Undeb ar raglenni radio a theledu.